Os programas são instalados de forma sequencial no disco rígido, ou seja, um após o outro. Quando um arquivo antigo é removido, o espaço por ele ocupado se torna vago e os demais arquivos mantêm suas posições, criando assim um “buraco” no disco. Posteriormente, os novos programas instalados se dividem em diversos fragmentos para ocupar estes buracos, prejudicando a velocidade de leitura dos dados.

O que um desfragmentador faz é reagrupar todas as tarefas relacionadas do disco – tudo que faz parte deste programa estará junto em um mesmo espaço. É recomendável que o usuário desfragmente seu disco periodicamente para garantir o bom desempenho da máquina e livrar mais espaço do disco. Também é aconselhável excluir todos os arquivos que já não são mais utilizados.